Реку Вардар, которая летом мелеет, питают её притоки Пчинья и Брегальница с левой стороны и Треска, Бабуна, То-полка и Црна справа.

Охридское озеро по фауне и флоре похоже на Байкал и некоторые африканские озёра. Другое тектоническое озеро — Преспанское — частично принадлежит Греции и Албании.

Часть Дойранского озера также принадлежит Греции. На Шар-горе, Пелистре и Якупице имеются озёра ледникового происхождения.

Выходящие на поверхность подземные целебные воды используются курортами и лечебницами. Возле г. Битола эксплуатируются источники минеральной воды.