На равнинах почти нет разницы между летними и зимними температурами, хотя на плато несколько прохладнее. Количество осадков уменьшается с севера на юг от 1500 до 500 мм в год. На побережье и в горах случаются тропические ливни, вызывающие порой катастрофические наводнения, а на юге основное бедствие - засухи (особенно сильные наблюдались в 1974, 1982 и 1983).

 Рек много, крупнейшие из них - Замбези, Лимпопо, Сави и Рувума судоходны лишь на низменности. Все реки текут с запада на восток и впадают в Индийский океан. В дождливый сезон половодья принимают в отдельные годы угрожающий характер, в сухой же сезон многие реки мелеют, превращаясь в цепочки озер, либо полностью пересыхают. 

Непостоянство стока, отмели, пороги и водопады в горной части затрудняют судоходство. Мозамбику принадлежат восточные крутые берега гигантского пресноводного оз. Ньяса, лежащего на стыке Мозамбика, Малави и Танзании.