Климат севера близок к экваториальному; на юге - тропический пассатный. Выделяются всего два сезона: влажное лето и сухая зима. Температуры в большинстве районов очень высокие (+25 - +28С), причем максимальные отметки приходятся на сезон дождей.
Многочисленные реки страны берут начало в горах на западе и впадают в Мозамбикский пролив. Главной рекой является Замбези, а наиболее крупными - Рувума, Сави и Лимпопо. На территории страны лежит также часть озера Ньяса (озеро Малави).
Один из крупных карнавалов проходит в Мозамбике в период с февраля по март (дата подвижная).