В стране нет крупных озёр и рек. Реки — Бруней, Тудонг, Тембуронг, Белайт текут с холмов южной части страны на север, впадая в Южно-Китайское море.
Столица Брунея - Бандар-Сери-Бегаван (от малайс. — «город его сиятельства») назван в честь отца нынешнего султана, до 1970 г. — Бруней).