Этнические нгалопы, потомки тибетских иммигрантов, составляют большинство населения западной и центральной частей страны и в основном следуют школе Друкпа Кагью, следуя линии передачи от Пемы Карпо и Шабдрунга.

Школа Ньингма более распространена в восточном и центральном Бутане, её представляет в первую очередь Пема Лингпа.

Этнические шарчопы, возможные потомки первоначального населения Бутана, живут на востоке. Некоторые шарчопы практикуют буддизм, объединённый с элементами традиции бон, в то время как остальные практикуют анимизм и индуизм.

Правительство поддерживает монастыри обеих традиций буддизма — и Друкпа Кагью, и Нингма. Царский род Бутана практикует сочетание этих двух течений, и многие жители страны верят в концепцию «Каньин-Шунгдрел», что значит «Кагью и Нингма одно и то же». Глубоко почитается Падмасамбхава.

Индусы, живущие в основном на юге Бутана, исповедуют шиваизм, вишнуизм, шактизм, ганапати и другие течения. Индуистские храмы существуют в Тхимпху и южных районах страны.

Бон, анимистическая и шаманистская система верований, вращается вокруг культа природы и предшествовала буддизму. Хотя жрецы религии бон часто участвуют в буддийских праздниках и даже включают в них ритуалы своей традиции, тем не менее очень мало жителей полностью придерживаются этой религиозной системы. Наиболее распространён бон в восточном Бутане.

Христиане присутствуют на всей территории Бутана, но в очень малом числе. Христианские семьи и отдельные верующие проводят свои обряды дома. Христианских миссионеров в стране нет.

Мусульмане имеют очень маленькую численность в Бутане.