В пределах острова местами возвышаются отдельные так называемые горы, высота которых от 100 до 130 м, там же находится самая высокая гора Джабель-Дукан.

Бахрейн и другие крупные острова архипелага обрамлены коралловыми рифами, которые имеют площадное распространение к северу и северо-востоку острова Бахрейн.

Небольшие коралловые острова возвышаются лишь на несколько метров выше уровня моря. Крупные острова имеют выходы на поверхность пресных вод. В прибрежной зоне со дна морского так же бьют ключи пресных подземных вод, которые забраны в трубы и используются в хозяйстве.

Климат на острове тропический аридный, зима прохладная, лето очень жаркое и влажное. В среднем за год выпадает 90 мм осадков. Периодически острова страдают от засух и пыльных бурь. Рек на островах нет. В основном пустынный ландшафт.

В пустынях растут засухоустойчивые растения, такие как верблюжья колючка, саксаул, полынь, гребенщик, солянка, астрагал, сведа и другие. В отдельных районах созданы искусственные посадки акации аравийской. Где грунтовые воды выходят на поверхность, распространены оазисы, на которых растут финиковые пальмы и другие культуры.

Фауна очень бедная, преобладают грызуны, птицы и пресмыкающиеся. 1976 года, дабы восстановить естественные популяции арабской газели и млекопитающих из семейства полорогих, таких как аравийский тар и орикс, был создан резерват Эль-Арейн.

В прибрежных водах имеется порядка 400 видов рыб. Часто встречаются морские черепахи. У коралловых рифов много омаров, крабов, моллюсков, креветок.