Огромное значение имеют северные реки бассейнов Кунене и Замбези (р. Чобе), система каналов Овамболенда, а также река Окаванго. Из сезонных (пересыхающих) рек наиболее значительны Грейт-Фиш (приток Оранжевой), образующая один из крупнейших каньонов мира, а также Свакоп и Кёйсеб, постоянно заносимые дюнами.

Воды реки Оранжевой трудно использовать, поскольку она течет в каньоне глубиной 120 м. Судоходству на постоянно текущих реках препятствуют пороги, наносы в устьях и плавающие скопления растительных остатков. Река Кунене славится водопадами Руакана, где вода низвергается с высоты 70 м, переливаясь всеми цветами радуги. Здесь построена крупная ГЭС мощностью 320 Мвт, но она работает не более шести месяцев в году из-за сильного обмеления реки летом.

На севере Намибии в бессточной котловине находится солончак Этоша площадью ок. 5 тыс. кв. км, самый большой в Африке. Когда его плоское дно, покрытое известково-глинистой коркой, раз в несколько лет заливается водой, образуется временное озеро глубиной до 1,5 м. Здесь издавна ведется добыча соли.