Среднее образование длится в течение семи лет и разделено на две части: младший вторичный уровень четырех лет с возрастов двенадцать - пятнадцать и старший вторичный уровень трех лет с возрастов шестнадцать - восемнадцать. 

В конце младшего уровня выпускники получают свидетельство, и в конце старшего уровня, выпускники получают baccalauréat (эквивалент свидетельства об окончании средней школы). Профессиональная система средней школы, collège professionelle (профессиональный колледж), является эквивалентом младшего вторичного уровня; collège техника (технический колледж), который награждает baccalauréat технику (технический диплом), является эквивалентом старшего уровня.

Университет Мадагаскара, установленного как Институт Специальных исследований в 1955 в Антананариву и переименованного в 1961, является главным институтом высшего образования. Это поддерживает шесть отдельных, независимых отделений в Антананариву, Анциранане, Фианаранцуа, Туамасине, Toliara и Mahajanga. (До 1988 последние пять учреждений были провинциальными расширениями главного университета в Антананариву.) 

Университетская система состоит из нескольких способностей, включая закон и экономику, науки, и письма и гуманитарные науки и многочисленные школы, которые специализируются на государственном управлении, управлении, медицине, социальном обеспечении, общественных работах и агрономии. 

Официальные сообщения подвергли критике чрезмерное число студентов в этих шести университетах: в общей сложности 40 000 в 1994, тогда как коллективная способность 26,000.

 Меры по реформе должны в стадии реализации улучшить показателя успешности студентов — только 10 процентов заканчивают свои программы, и среднее число лет, требуемых получить данную степень, восемь - десять по сравнению с пятью годами для африканских стран. baccalauréat требуется для допуска в университет.