Ботсвана занимает территорию обширной пологой бессточной впадины Калахари. Средняя высота 800—1000 м, на западе до 1200 м. Рельеф равнинный. На востоке рельеф мелкохолмистый.
Крупнейшая река — Окаванго. На северо-западе страны находится её нижнее течение и обширная внутриматериковая дельта (площадь около 16 тыс. км², при разливе до 22 тыс. км²). Дельта Окаванго изобилует озёрами, крупнейшее из которых — солоноватое озеро Нгами.