Тропический пассатный на побережье; умеренный в горных районах.Среднемесячные температуры на побережье круглый год держатся в районе отметки в +21-22 С. Дневные температуры изменяются незначительно, достигая +30 C в ноябре и +34 C в марте-апреле. В горных районах в любое время года несколько прохладнее, по ночам температура может опускаться до +14-16 С даже летом.
Множество сальвадорцев страдает от хронического недоедания и болезней, связанных с ним, а также от антисанитарных условий жизни. При этом средняя продолжительность жизни в стране - 70 лет, но очень высока детская смертность. В стране функционирует приблизительно 50 управляемых государством больниц, центров здоровья и клиник с общим количеством мест около 7000 (большинство из них сосредоточено в городах). Медицинские средства довольно ограниченны. Две больницы (столичные Bloom Hospital и Maternity Hospital) являются специализированными институтами по защите материнства и детства.
В Сальвадоре много красивых горных озер. Крупнейшие из них — Гуиха на северо-западе, на границе с Гватемалой, и Илопанго — в 16 км от столицы. Крупнейшая река страны — Лемпа начинается в Гватемале и на протяжении почти 300 км пересекает Сальвадор: сначала - с запада на восток, затем -— с севера на юг.