Частые засухи, а также систематические наводнения ставят перед страной жизненно важную задачу управления водными ресурсами. В сухой сезон многие реки сильно мелеют, а иногда и пересыхают. На сезон дождей приходится 4/5 стока рек. Они, особенно во время тропических циклонов, нередко выходят из берегов, нанося большой ущерб. Единственное большое озеро страны Лагуна-де-ла Лече на севере провинции Сьего-де-Авила имеет площадь 67 кн. км. Свое название "Молочное" оно получило за свои мутно-белесоватые воды. Второе по величине озеро Аригуанабо находится вблизи Гаваны, его длина составляет 8 км, ширина до 2,5 км, площадь 9 кв. км. На Кубе преобладают короткие реки, что обусловлено конфигурацией острова. На острове существует около 560 рек, самая длинная из них - Кауто, длинной в 370 км.