Среди религиозных меньшинств — православные (главным образом, этнические сербы), мусульмане, протестанты (адвентисты, баптисты, методисты, кальвинисты, лютеране, пятидесятники и др.), свидетели Иеговы, иудеи.

Число атеистов и агностиков, согласно данным переписи, 195 893 человека (4,57 %).

Католическая церковь в стране включает в себя 4 митрополии, одну архиепархию и 9 епархий (одна из них византийского обряда).

Примас Хорватии возглавляет архиепархию-митрополию Загреба, столицы страны. В настоящее время титул примаса Хорватии принадлежит кардиналу Йосипу Бозаничу. Архиепархия-митрополия Сплит-Макарска включает в себя также и епархию Котора в соседней Черногории.

Единственная грекокатолическая епархия, с центром в городе Крижевцы составляет Хорватскую грекокатолическую церковь, чья юрисдикция распространяется также и на грекокатолические приходы Боснии и Герцеговины.

Подавляющее большинство православных приходов на территории Хорватии принадлежит к Загребско-Люблянской митрополии Сербской православной церкви.

Конституция страны гарантирует свободу вероисповедания. Католическая церковь в стране не имеет статуса государственной, хотя де-факто получает общественное финансирование и пользуется от государства рядом привилегий.

В государственных школах существуют уроки религиозного обучения, однако они не обязательны к посещению.