На западных склонах Большого Водораздельного хребта берут начало реки, прокладывающие свой путь по внутренним равнинам. В районе горы Косцюшко начинается самая длинная река в Австралии — Муррей (2375 км). В горах же зарождается и её наиболее крупные притоки — Маррамбиджи (1485 км), Дарлинг (1472 км), Гоулбери и некоторые другие.

Питание реки Муррей и её протоков главным образом дождевое и в меньшей степени снеговое. Эти реки наиболее полноводны в начале лета, когда в горах тает снег. В сухое время года они сильно мелеют, а некоторые из притоков Муррея распадаются на отдельные стоячие водоёмы. Постоянное течение (кроме исключительно засушливых лет) сохраняют только Муррей и Маррамбиджи. Даже Дарлинг, третья по длине река Австралии, во время летних засух, теряясь в песках, не всегда достигает Муррея. Почти на всех реках системы Муррея построены плотины и запруды, около которых созданы водохранилища, где собирают паводковые воды, используемые для орошения полей, садов и пастбищ.

Реки северного и западного побережий Австралии мелководны и сравнительно невелики. Самая длинная из них — Флиндерс впадает в залив Карпентария. Эти реки имеют дождевое питание, и их водоносность сильно меняется в разное время года.

Реки, сток которых направлен во внутренние области материка, такие как Куперс-Крик (Барку), Дайамантина и др., лишены не только постоянного стока, но и постоянного, отчётливо выраженного русла. В Австралии такие временные реки называют «криками» (англ. creek). Они наполняются водой только во время кратковременных ливней. Вскоре после дождя русло реки вновь превращается в сухую песчаную ложбину, зачастую не имеющую даже определённых очертаний.

Большинство озер Австралии, как и реки, питаются дождевыми водами. Они не имеют ни постоянного уровня, ни стока. Летом озера пересыхают и представляют собой неглубокие солончаковые впадины. Слой соли на дне иногда достигает 1,5 м.

В окружающих Австралию морях добывают морского зверя, ловят рыбу. В морских водах разводят съедобных устриц. В тёплых прибрежных водах на севере и северо-востоке ведется промысел морских трепангов, крокодилов и моллюсков-жемчужниц. Основной центр их искусственного разведения находится в районе полуострова Коберг (Арнем-Ленд). Именно здесь, в тёплых водах Арафурского моря и залива Ван-Димен, были проведены первые опыты по созданию специальных осадков. Проводились эти опыты одной из австралийских компаний при участии японских специалистов. Было установлено, что моллюски-жемчужницы, выращиваемые в тёплых водах у северного побережья Австралии, дают более крупный жемчуг, чем у берегов Японии, и в значительно более короткий срок. В настоящее время разведение моллюсков-жемчужниц широко распространилось по северному и отчасти северо-восточному побережьям.

Довольно значительные по числу и величине озера Австралии в течение большей части года представляют собою болота. На север от залива Спенсер (но не соединяясь с ним) лежит окружённое песчаными дюнами озеро Торренс, имеющее 225 км в окружности. Ещё севернее, на 12 метров ниже уровня океана, находится самое крупное озеро Эйр, а к востоку от него озеро Грегори, может быть разделённое на несколько отдельных озёр. На запад от озера Торренса лежит на плоскогорье, возвышаясь на 115 м, большое озеро Гэрднер, которое, равно как бесчисленное множество меньших озёр в той же местности, чрезвычайно изобилуют солью и по-видимому лишь в недавнее время отделились от морской воды. Вообще имеются явные признаки того, что южный берег материка ещё продолжает медленно подниматься из морских вод.