Развита речная сеть. Крупные реки о-ва Сан-Томе – Агуа-Гранде и Ио-Гранде, о-ва Принсипи – Агульяш, Банзу и Папагайу. Реки быстрые и порожистые. Население обеспечено пресной питьевой водой.
Из примерно 163 тысяч человек(по данным Всемирной книги фактов ЦРУ — более 212,6 тысяч), проживающих в государстве, почти все живут на о. Сан-Томе; лишь около 6 тысяч живут на о. Принсипи. Выделяют следующие группы населения:
Одной из главных проблем здравоохранения Сан-Томе и Принсипи является малярия. До недавнего времени масштабы заболеваемости малярией были огромны, однако в последние годы, благодаря технологической и материальной помощи Тайваня и Глобального фонда борьбы со СПИДом, туберкулёзом и малярией, число больных сократилось на 60 %.