Развита речная сеть. Крупные реки о-ва Сан-Томе – Агуа-Гранде и Ио-Гранде, о-ва Принсипи – Агульяш, Банзу и Папагайу. Реки быстрые и порожистые. Население обеспечено пресной питьевой водой.
Более зеленые и более нетронутые человеческим вмешательством, чем даже близлежащие Острова Зеленого Мыса, острова Сан-Томе и Принсипи также и более безопасны и более красивы, чем большинство стран африканского материка.
Столицей Демократической Республики Сан-Томе и Принсипи является город Сан-Томе, расположенный на одноимённом острове.