Развита речная сеть. Крупные реки о-ва Сан-Томе – Агуа-Гранде и Ио-Гранде, о-ва Принсипи – Агульяш, Банзу и Папагайу. Реки быстрые и порожистые. Население обеспечено пресной питьевой водой.
Более зеленые и более нетронутые человеческим вмешательством, чем даже близлежащие Острова Зеленого Мыса, острова Сан-Томе и Принсипи также и более безопасны и более красивы, чем большинство стран африканского материка.
Одной из главных проблем здравоохранения Сан-Томе и Принсипи является малярия. До недавнего времени масштабы заболеваемости малярией были огромны, однако в последние годы, благодаря технологической и материальной помощи Тайваня и Глобального фонда борьбы со СПИДом, туберкулёзом и малярией, число больных сократилось на 60 %.