Развита речная сеть. Крупные реки о-ва Сан-Томе – Агуа-Гранде и Ио-Гранде, о-ва Принсипи – Агульяш, Банзу и Папагайу. Реки быстрые и порожистые. Население обеспечено пресной питьевой водой.
Климат двух гористых островков, расположенных в Атлантическом океане недалеко от Габона и Экваториальной Гвинеи, жаркий и влажный в течение всего года.
Столицей Демократической Республики Сан-Томе и Принсипи является город Сан-Томе, расположенный на одноимённом острове.