Столицей Демократической Республики Сан-Томе и Принсипи является город Сан-Томе, расположенный на одноимённом острове.
Одной из главных проблем здравоохранения Сан-Томе и Принсипи является малярия. До недавнего времени масштабы заболеваемости малярией были огромны, однако в последние годы, благодаря технологической и материальной помощи Тайваня и Глобального фонда борьбы со СПИДом, туберкулёзом и малярией, число больных сократилось на 60 %.
Сан-Томе и Принсипи — наименьшее по площади государство Африки. Острова Сан-Томе и Принсипи расположены в экваториальной Атлантике приблизительно в 300 и 250 километрах от северо-западного побережья Габона соответственно. Рельеф обоих островов гористый, поскольку они являются частью потухшей цепи вулканов, которая включает также острова Аннобон к юго-западу и Биоко к северо-востоку, а также часть Экваториальной Гвинеи, и вулкан Камерун на западном побережье Африки.