Главные притоки Нигера и Бенуэ – Сокото, Кадуна и Гонгола, а также реки, впадающие в озеро Чад, начинаются на плато Джос, которое является гидрографическим центром Нигерии. Судоходство на этих и других реках, таких как Имо и Кросс, ограничено из-за порогов и водопадов, а также резких сезонных колебаний уровня воды. 

На Нигере круглый год поддерживается движение судов до города Онича (где построен мост через реку), а с июня по март – до Локоджи. Во влажный сезон суда курсируют до Джеббы. По Бенуэ пароходы заходят до Йолы, но навигация осуществляется только четыре месяца – с июля по октябрь.