Экваториальный муссонный, со среднемесячными температурами от +24 С до +28 C и суммарным количеством осадков (выпадающих в основном с мая по октябрь) от 1400 мм. в год в континентальной, до 2500 мм. в приокеанической части страны. Зимний (ноябрь - апрель) период относительно сухой и жаркий, средняя температура воздуха - +28 С.
Гвинея-Бисау — унитарная республика, состоящая из восьми континентальных округов и одного островного (расположенного на архипелаге Бижагош), входящих в состав 3 провинций по стандарту ISO 3166-2:GW. Столица страны выделена в самостоятельный округ Бисау, являющийся наименьшим по площади, но самым большим по населению. Островной округ Болама заселён наименее всего.
Густая речная сеть представлена многоводными реками (Жеба, Кашеу, Корубал, Балана), судоходными на значительном протяжении.