Расположен между 125° восточной долготы и 8° южной широты. Омывается Тиморским, Арафурским морями, а также морем Саву. К северу пролегает пролив Омбай-Ветар, к югу лежит глубоководная Тиморская впадина.
Почти все реки страны берут начало в центральных горных районах острова и текут на север или юг.
Территория Восточного Тимора разделена на 13 административных округов: