Основу внутренней водной сети образует озеро Ньяса, протягивающееся по территории Малави на 560 км. Из озера Ньяса вытекает судоходная река Шире (приток Замбези). Река Шире протекает через озеро Маломбе. На юго-востоке — крупное бессточное солоноватое озеро Ширва.
Лилонгве (Lilongwe) — столица Малави. Расположена на юго-западе страны к западу от реки Малави, недалеко от границы с Мозамбиком и Замбией.
Малави делится на 28 провинций, объединенных в три региона: Северный регион, Центральный регион, Южный регион.